角膜をカットする方法とはAK(Astigmatic keratotomy：乱視矯正角膜切開術）のことを言われたかと思います。AKはレーシックよりも随分以前に行われていた方法で、安全ですが角膜の95％の深さまでの切込みを2ヶ所入れますし、効果が若干アバウトです。しかし、ご心配されているフラップに対する影響はないかと思います。残っている乱視の量や、最初の手術の矯正量、角膜の残存量のこともありますので、術式選択にあたっては、主治医にこのあたり、メリット、デメリットをしっかり聞かれたらいかがでしょうか。